Um dos objectivos prioritários, deste Laboratório, tem sido o desenvolvimento de trabalhos de investigação nomeadamente a pesquisa e desenvolvimento de novas técnicas de análise de parâmetros físico-químicos e biológicos da água para uma correcta monitorização e melhor gestão da água do Alentejo, a região mais seca de Portugal. Simultaneamente, são promovidas actividades de formação técnica especializada a funcionários e estudantes da Universidade de Évora e de outras instituições nacionais e estrangeiras. Ao longo de toda a actividade técnica e científica desenvolvida no Laboratório, tem-se pretendido dinamizar a permuta do conhecimento com empresas e instituições similares, nacionais e estrangeiras.
Outro objectivo primordial deste Laboratório, tem sido prestar serviços especializados a diversas entidades regionais, nomeadamente Câmaras Municipais e Direcções Regionais, que se debatem com graves problemas na qualidade e gestão da água e se apresentam carenciadas em infra-estruturas para analisar a água que gerem.